Jusqu’au 30 juin 2018, la ligne Auch-Agen va être rénovée pour permettre le retour des circulations FRET supprimées depuis 2014. 5 embranchements du secteur agricole longent la ligne. Malgré ces travaux il n’est toujours pas prévu de faire revenir des circulations voyageur sur cette ligne desservant pourtant des villes majeures telles Lectoure ou Fleurance qui possèdent d’importants flux domicile-travail entre-elles, sans oublier l’opportunité de relier la capitale de la Gascogne à Paris plus efficacement sans passer par Toulouse.

À l’issue des travaux, la maintenance pourrait être confiée à un opérateur privé, sur le modèle de la ligne Castelsarrasin – Beaumont-de-Lomagne.
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